Arrêts maladie pour les salariés du régime général & agricole

Les indémnités journalières

Pour faire une demande d’indemnités journalières, vous devez adresser un avis d’arrêt de travail signé par le médecin, dans les 48 heures qui suivent la date de votre interruption de travail à votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie ou à la Mutualité sociale agricole (MSA) et à votre employeur. L’employeur remplit ensuite une attestation de salaire nécessaire pour le calcul de vos indemnités.

Ce délai doit également être respecté en cas de renouvellement de l’arrêt de travail.
Lors d’une hospitalisation, le bulletin de situation ou d’hospitalisation fait office d’arrêt de travail et le délai d’envoi de l’arrêt peut être reporté.

Les indemnités journalières peuvent être versées sous réserve de remplir les conditions d’ouverture des droits, qui varient en fonction de la durée de votre arrêt de travail et de votre situation :

  • si vous êtes salarié et sous certaines conditions (montant des cotisations, nombre d’heures travaillées)
  • ou si vous êtes bénéficiaire d’indemnités chômage
  • ou si vous avez cessé votre activité salariée depuis moins de12 mois.

Dans le cas d’une affection longue durée, la durée maximale de versement des indemnités journalières de maladie est de trois ans. Elles sont calculées de date à date. Une carence de trois jours est retenue lors de votre premier arrêt maladie (soit à compter du 4ème jour d’arrêt de travail), puis supprimée sur vos prochains arrêts maladie en rapport avec votre affection de longue durée.

Les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie en rapport avec une affection de longue durée ne sont pas imposables.
Le montant des indemnités journalières non liées à un accident du travail ou à une maladie professionnelle est de 50% du salaire brut de référence.

Lors d’un second arrêt de travail pour cause de rechute, le montant d’indemnités journalières perçu ne peut être inférieur à celui qui avait été octroyé au titre du premier arrêt de travail. Cette règlementation s’applique dans le cas où l’arrêt initial est intervenu avant le 1er janvier 2012 et que le nouvel arrêt de travail pour rechute intervient après cette date.

N’oubliez pas de prévenir votre ou vos employeurs dès le premier jour de votre arrêt de travail. Ne pas prévenir son employeur est considéré comme une faute professionnelle qui peut justifier un licenciement pour cause réelle et sérieuse ou une sanction disciplinaire. Dans la mesure du possible, conservez un bon contact avec votre employeur. Cela facilitera, à terme, une reprise de travail dans les meilleures conditions.

Aux indemnités journalières versées par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie, peut s’ajouter un complément de salaire versé par l’employeur, pour tout salarié justifiant d’un an d’ancienneté dans l’entreprise ou l’établissement. En sont exclus les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, les salariés intermittents et les salariés temporaires.


Des dispositions plus favorables peuvent exister dans votre entreprise.
Rapprochez-vous du service chargé des ressources humaines ou reportez-vous à votre convention collective ou aux accords applicables dans votre entreprise.

Le complément de salaire s’adresse à tout salarié qui remplit les conditions fixées et qui ne bénéficie pas d’une indemnisation plus avantageuse dans le cadre de la convention ou des accords collectifs applicable à son entreprise.

Pour bénéficier du complément de salaire vous devez :

  • être pris en charge par la Caisse Primaire d’Assurance Maladie et bénéficier d’indemnités journalières
  • être soigné en France ou dans un pays de l’Union européenne
  • vous soumettre éventuellement à la contre-visite médicale
  • adresser un certificat médical d’arrêt de travail dans les 48 heures
  • avoir 1 an d’ancienneté dans l’entreprise au premier jour de votre absence

L’indemnisation débute, en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle (sauf l’accident de trajet) dès le premier jour d’absence. En cas de maladie ou d’accident non professionnels ou d’accident du trajet, elle débute à compter du 8ème jour.

Si vous avez entre un et cinq ans d’ancienneté, vous percevrez 90 % de votre salaire brut durant les 30 premiers jours puis 66 % de ce même salaire brut les 30 jours suivants.

A partir de 6 ans d’ancienneté, la durée de ces deux périodes d’indemnisation est portée à :

  • 40 jours si le salarié a au moins 6 ans d’ancienneté
  • 50 jours si le salarié a au moins 11 ans d’ancienneté
  • 60 jours si le salarié a au moins 16 ans d’ancienneté
  • 70 jours si le salarié a au moins 21 ans d’ancienneté
  • 80 jours si le salarié a au moins 26 ans d’ancienneté
  • 90 jours si le salarié a au moins 31 ans d’ancienneté

En cas d’arrêts successifs, ces durées d’indemnisation s’apprécient sur une période de 12 mois.

Des conventions ou accords collectifs peuvent prévoir une indemnisation plus avantageuse. Il convient de consulter la convention ou l’accord applicable à votre entreprise.


A la fin de votre arrêt de travail plusieurs solutions sont envisageables :

  • la reprise normale de votre activité professionnelle
  • la reprise du travail à temps partiel pour motif thérapeutique
  • la reprise du travail dans le cadre d’un contrat de rééducation professionnelle
  • la reprise avec aménagement du poste de travail
  • le reclassement professionnel
  • la mise en invalidité. Cette décision est prise par le médecin conseil de votre caisse d’Assurance Maladie
  • le licenciement pour inaptitude.

La reprise du travail

Une visite de pré-reprise est prévue par le Code du travail. Cette visite peut être demandée par vous-même, votre médecin traitant ou le médecin conseil de votre caisse d’Assurance Maladie. La visite s’effectue auprès de la médecine du travail (appelée aussi service de santé au travail).

Son but est de faciliter votre réintégration sociale et professionnelle. À la suite de la visite médicale de pré-reprise du travail, il est possible de prévoir un aménagement de votre poste : modification de l’outillage ou des rythmes de travail par exemple. C’est à cette occasion, notamment, que vous pourrez étudier la possibilité d’une reprise du travail à temps partiel thérapeutique.

La visite de pré-reprise ne remplace pas la visite de reprise du travail qui, elle, est demandée par votre employeur ou, éventuellement, par vous-même. Cette visite doit être faite dans les huit jours suivant votre reprise.

Si vous reprenez votre travail à temps complet, le médecin établit deux certificats médicaux de reprise du travail. L’un est adressé à votre caisse d’Assurance Maladie qui suspend le versement des indemnités journalières. Le second est à remettre à votre employeur.

Le médecin du travail informe votre employeur de votre aptitude à reprendre le travail en précisant les éventuels aménagements de votre poste.

    • Le temps partiel thérapeutique est destiné à reprendre progressivement une activité professionnelle et permettre, si possible, une reprise de travail à temps complet. Il est accordé sur prescription de votre médecin traitant. La prescription médicale est transmise à la caisse d’Assurance Maladie qui doit donner son accord. Le médecin du travail doit, pour sa part, délivrer un avis d’aptitude à la reprise à temps partiel thérapeutique.

      Votre employeur peut refuser que vous repreniez votre travail à temps partiel thérapeutique. Il est donc très important de rester en contact avec lui pour préparer votre retour et de solliciter la visite de pré-reprise auprès du médecin du travail.

      La durée de travail est déterminée par votre médecin traitant et le médecin conseil de l’Assurance Maladie. Le « mi-temps thérapeutique » est renouvelable sur prescription médicale pour une durée maximale de 4 ans (en déduisant la durée des indemnités journalières en arrêt maladie complet).

      Le temps partiel thérapeutique est une mesure dérogatoire aux règles de non cumul d’une activité salariée avec des indemnités journalières versées en cas de maladie. Pendant la période du travail à temps partiel thérapeutique, votre employeur vous verse un salaire correspondant au temps de travail effectué. L’autre partie vous est versée, en tout ou partie, par votre caisse d’Assurance Maladie sous forme d’indemnités journalières. Le cumul des deux ne peut dépasser le montant le salaire de référence.

    Renseignez-vous auprès de votre caisse d’Assurance Maladie. Pensez à faire établir par votre médecin traitant des prolongations d’arrêt de travail en temps partiel thérapeutique pour votre employeur et la caisse d’Assurance Maladie.

  • Pour les agents de la fonction publique

    • Pour les agents contractuels de la fonction publique

      Après un congé de grave maladie, il est possible :

      • de réintégrer votre emploi ;
      • de prendre un congé pendant un an sans rémunération, renouvelable six mois ;
      • d’être licencié si l’incapacité de travail est permanente.

      Une reprise à temps partiel pour raisons thérapeutiques peut être proposée pour une durée définie, sous réserve de l’avis conforme du médecin du travail.

      Le reclassement pour inaptitude physique est une possibilité qui a été admise par la jurisprudence mais aucune disposition juridique spécifique à la fonction publique n’en prévoit les modalités.

Pour faire une demande d'indemnités journalières, vous devez adresser un avis d'arrêt de travail signé par le médecin, dans les 48 heures qui suivent la date de votre interruption de travail à votre Caisse Primaire d'Assurance Maladie ou à la Mutualité sociale agricole (MSA) et à votre employeur. L'employeur remplit ensuite une attestation de salaire nécessaire pour le calcul de vos indemnités. Ce délai doit également être respecté en cas de renouvellement de l'arrêt de travail.
Lors d'une hospitalisation, le bulletin de situation ou d'hospitalisation fait office d'arrêt de travail et le délai d'envoi de l'arrêt peut être reporté. Les indemnités journalières peuvent être versées sous réserve de remplir les conditions d'ouverture des droits, qui varient en fonction de la durée de votre arrêt de travail et de votre situation :
  • si vous êtes salarié et sous certaines conditions (montant des cotisations, nombre d'heures travaillées)
  • ou si vous êtes bénéficiaire d'indemnités chômage
  • ou si vous avez cessé votre activité salariée depuis moins de12 mois
Dans le cas d'une affection longue durée, la durée maximale de versement des indemnités journalières de maladie est de trois ans. Elles sont calculées de date à date. Une carence de trois jours est retenue lors de votre premier arrêt maladie (soit à compter du 4ème jour d'arrêt de travail), puis supprimée sur vos prochains arrêts maladie en rapport avec votre affection de longue durée.
Les indemnités journalières versées par l'Assurance Maladie en rapport avec une affection de longue durée ne sont pas imposables. Le montant des indemnités journalières non liées à un accident du travail ou à une maladie professionnelle est de 50% du salaire brut de référence.
Lors d’un second arrêt de travail pour cause de rechute, le montant d’indemnités journalières perçu ne peut être inférieur à celui qui avait été octroyé au titre du premier arrêt de travail. Cette règlementation s’applique dans le cas où l’arrêt initial est intervenu avant le 1er janvier 2012 et que le nouvel arrêt de travail pour rechute intervient après cette date.
N'oubliez pas de prévenir votre ou vos employeurs dès le premier jour de votre arrêt de travail. Ne pas prévenir son employeur est considéré comme une faute professionnelle qui peut justifier un licenciement pour cause réelle et sérieuse ou une sanction disciplinaire. Dans la mesure du possible, conservez un bon contact avec votre employeur. Cela facilitera, à terme, une reprise de travail dans les meilleures conditions.
Aux indemnités journalières versées par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie, peut s'ajouter un complément de salaire versé par l'employeur, pour tout salarié justifiant d'un an d'ancienneté dans l'entreprise ou l'établissement. En sont exclus les salariés travaillant à domicile, les salariés saisonniers, les salariés intermittents et les salariés temporaires.

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Le complément de salaire

Le complément de salaire s’adresse à tout salarié qui remplit les conditions fixées et qui ne bénéficie pas d’une indemnisation plus avantageuse dans le cadre de la convention ou des accords collectifs applicable à son entreprise.

Pour bénéficier du complément de salaire vous devez :
  • être pris en charge par la Caisse Primaire d'Assurance Maladie et bénéficier d'indemnités journalières
  • être soigné en France ou dans un pays de l'Union européenne
  • vous soumettre éventuellement à la contre-visite médicale
  • adresser un certificat médical d'arrêt de travail dans les 48 heures
  • avoir 1 an d'ancienneté dans l'entreprise au premier jour de votre absence
L'indemnisation débute, en cas d'accident du travail ou de maladie professionnelle (sauf l'accident de trajet) dès le premier jour d'absence. En cas de maladie ou d'accident non professionnels ou d'accident du trajet, elle débute à compter du 8ème jour.
Si vous avez entre un et cinq ans d'ancienneté, vous percevrez 90 % de votre salaire brut durant les 30 premiers jours puis 66 % de ce même salaire brut les 30 jours suivants.
A partir de 6 ans d’ancienneté, la durée de ces deux périodes d’indemnisation est portée à :
  • 40 jours si le salarié a au moins 6 ans d’ancienneté
  • 50 jours si le salarié a au moins 11 ans d’ancienneté
  • 60 jours si le salarié a au moins 16 ans d’ancienneté
  • 70 jours si le salarié a au moins 21 ans d’ancienneté
  • 80 jours si le salarié a au moins 26 ans d’ancienneté
  • 90 jours si le salarié a au moins 31 ans d’ancienneté
En cas d'arrêts successifs, ces durées d'indemnisation s'apprécient sur une période de 12 mois.
Des conventions ou accords collectifs peuvent prévoir une indemnisation plus avantageuse. Il convient de consulter la convention ou l'accord applicable à votre entreprise.
A la fin de votre arrêt de travail plusieurs solutions sont envisageables :
  • la reprise normale de votre activité professionnelle
  • la reprise du travail à temps partiel pour motif thérapeutique
  • la reprise du travail dans le cadre d'un contrat de rééducation professionnelle
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  • le reclassement professionnel
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  • le licenciement pour inaptitude
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La reprise du travail

La visite de pré-reprise
Une visite de pré-reprise est prévue par le Code du travail. Cette visite peut être demandée par vous-même, votre médecin traitant ou le médecin conseil de votre caisse d’Assurance Maladie. La visite s’effectue auprès de la médecine du travail (appelée aussi service de santé au travail). Son but est de faciliter votre réintégration sociale et professionnelle.
À la suite de la visite médicale de pré-reprise du travail, il est possible de prévoir un aménagement de votre poste : modification de l’outillage ou des rythmes de travail par exemple.
C’est à cette occasion, notamment, que vous pourrez étudier la possibilité d’une reprise du travail à temps partiel thérapeutique. La visite de pré-reprise ne remplace pas la visite de reprise du travail qui, elle, est demandée par votre employeur ou, éventuellement, par vous-même. Cette visite doit être faite dans les huit jours suivant votre reprise.
La reprise de travail à temps complet
Si vous reprenez votre travail à temps complet, le médecin établit deux certificats médicaux de reprise du travail. L’un est adressé à votre caisse d’Assurance Maladie qui suspend le versement des indemnités journalières. Le second est à remettre à votre employeur. Le médecin du travail informe votre employeur de votre aptitude à reprendre le travail en précisant les éventuels aménagements de votre poste.
La reprise de travail à temps partiel thérapeutique
Le temps partiel thérapeutique est destiné à reprendre progressivement une activité professionnelle et permettre, si possible, une reprise de travail à temps complet. Il est accordé sur prescription de votre médecin traitant. La prescription médicale est transmise à la caisse d’Assurance Maladie qui doit donner son accord.
Le médecin du travail doit, pour sa part, délivrer un avis d’aptitude à la reprise à temps partiel thérapeutique. Votre employeur peut refuser que vous repreniez votre travail à temps partiel thérapeutique. Il est donc très important de rester en contact avec lui pour préparer votre retour et de solliciter la visite de pré-reprise auprès du médecin du travail.
La durée de travail est déterminée par votre médecin traitant et le médecin conseil de l’Assurance Maladie. Le « mi-temps thérapeutique » est renouvelable sur prescription médicale pour une durée maximale de 4 ans (en déduisant la durée des indemnités journalières en arrêt maladie complet).
Le temps partiel thérapeutique est une mesure dérogatoire aux règles de non cumul d’une activité salariée avec des indemnités journalières versées en cas de maladie. Pendant la période du travail à temps partiel thérapeutique, votre employeur vous verse un salaire correspondant au temps de travail effectué. L’autre partie vous est versée, en tout ou partie, par votre caisse d’Assurance Maladie sous forme d’indemnités journalières. Le cumul des deux ne peut dépasser le montant le salaire de référence.
Renseignez-vous auprès de votre caisse d’Assurance Maladie. Pensez à faire établir par votre médecin traitant des prolongations d’arrêt de travail en temps partiel thérapeutique pour votre employeur et la caisse d’Assurance Maladie.
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